Alcuni storici intendono ravvisare in Bordolano l'antica fortezza romana di Bedriaco di cui parla Tacito nelle sue "Storie" ai cap. XVI, XIX e XX. Si trattava di una fortezza romana di primo ordine, fornita di ogni mezzo di offesa e di difesa e base di rifornimento per gli eserciti che operavano in alta Italia. Tacito la pone "inter Cremonam Veronamque". la sua celebrità è dovuta particolarmente alla battaglia tra Ottone e Vitellio e tra Vitellio e Vespasiano. Comunque è certa la sua esistenza sul finire del VII secolo, quando gli abitanti di Cremona fuggirono davanti ad Agilulfo ricercandovi asilo tra i boschi e le paludi che occupavano il largo letto del fiume
Oglio. Assegnata da Agilulfo al Conte di Brescia, Bordolano tornò a Cremona sotto lo scettro di Carlo Magno, e da allora segue tutte le vicissitudini del contado cremonese come centro di commercio importante sull'Oglio e sede di fortezza militare.
Cinta di doppie mura, era difeso da un castello sede di un Capitano e delle milizie cremonesi. Distrutta più volte e sempre ricostruita, più. Nel 1218 Bordolano venne distrutto dalle truppe milanesi; all'inizio del Trecento era controllata dai Cavalcabò, famiglia di parte guelfa.
Nel giro di pochi anni però il governo di Cremona passò alla parte ghibellina, vicina all'imperatore Enrico VII, che aveva nei Dovara e nei Ponzone le famiglie di maggior spicco. In seguito all'allontanamento dell'imperatore le sorti della città tornarono in mano ai guelfi, con Guglielmo Cavalcabò nel 1312. Nel 1432 la città venne occupata dai veneziani con Francesco Gonzaga.
Tornata nel XV secolo sotto il controllo di Milano fu feudo dei Visconti, nell'500 fu occupata dai francesi, e il castello in seguito venne distrutto dagli spagnoli.
Nel 1525, infine, fu data in feudo da Francesco II Sforza ai Del Maino. In età spagnola era infeudato al conte del Maino nobile milanese, nel 1562 è citato tra i comuni del contado di Cremona, nel 1751 risulta essere una comunità della provincia superiore del Contado cremonese.
Dalle risposte ai 45 quesiti emerge che il comune era amministrato da un consiglio formato da 20 consiglieri e dal cancelliere che si riuniva per il riparto delle tasse, eleggeva tre deputati al governo ai quali era affidata l'amministrazione ordinaria della Comunità.
La giurisdizione del comune era affidata sia al podestà di Cremona, sia al podestà del feudo, il console era il tutore dell'ordine pubblico.
Nel 1859 Bordolano era retto da un consiglio di quindici membri e da una giunta di due membri, fu incluso nel mandamento IV di Soresina. In base alla legge sull'ordinamento comunale del 1865 il comune veniva amministrato da un sindaco, da una giunta e da un consiglio.
Nel 1924 il comune risultava incluso nel circondario di Cremona della provincia di Cremona. In seguito alla riforma dell'ordinamento comunale disposta nel 1926 il comune veniva amministrato da un podestà.